flush を使うと initial_data を読み込んでしまうので、 reset & load_data でデータを入れ替える。 読み込みたい fixtures は app/fixtures ディレクトリに入れておきます。
>>> from django.core import management
>>> from django.db import models
>>> management.reset(models.get_app("app_name"), interactive=False)
>>> management.load_data(["app_test.xml"], verbosity=0)